Ümumilli liderimiz Heydər Əliyevin 2000-ci il 13 iyul tarixli Fərmanına əsasən Naxçıvan Politexnik Texnikumunun bazasında Azərbaycan Müəllimlər İnstitutunun Naxçıvan filialı yaradılmışdır. 2003-cü il avqustun 26-da isə filial müstəqil instituta çevrilərək Naxçıvan Müəllimlər İnstitutu kimi fəaliyyətə başlamışdır.
Ötən 18 ildə Naxçıvan Müəllimlər İnstitutunun fəaliyyəti genişləndirilmiş, ali təhsilli kadrların hazırlanması sahəsində bir sıra nailiyyətlər əldə edilmişdir. Bu dövrdə institut ixtisaslı müəllim kadrları ilə təmin edilmiş, ali təhsil ocağının binası yenidən qurulmuş lazımi tədris şəraiti yaradılmış, maddi-texniki bazası gücləndirilmiş, yeni ixtisaslar açılmışdır. 2003-cü ilə qədər Naxçıvan Müəllimlər İnstitutunda “İbtidai təhsilin pedaqogikası və metodikası” ixtisası üzrə təhsil verilirdisə, bu gün “İbtidai sinif müəllimliyi”, “Riyaziyyat və informatika müəllimliyi”, “Təsviri incəsənət müəllimliyi”, “Məktəbəqədər təlim və tərbiyə”, “Təhsildə sosial-psixoloji xidmət”, “Kitabxanaçılıq və informasiya” ixtisasları üzrə bakalavr, “İbtidai sinif müəllimliyi”, “Təhsildə sosial-psixoloji xidmət”, “Riyaziyyatın tədrisi metodikası və metodologiyası”, “Pedaqogikanın nəzəriyyəsi və tarixi” ixtisasları üzrə isə magistr kadrları hazırlanır. 21 tələbə ilə fəaliyyətə başlayan İnstitutda hazırda 1106 bakalavr, 44 magistr təhsil alır. Tələbə və magistrlərın təhsili ilə 91 professor-müəllim heyəti məşğul olur. Müəllimlərdən 9 nəfəri elmlər doktoru, professor, 38 nəfəri fəlsəfə doktoru, dosentdir. İnstitutda “Dillər və ədəbiyyat”, “Pedaqogika və psixologiya”, “Humanitar və təsviri incəsənət”, “Riyaziyyat və tədrisi metodikası”, “Ali riyaziyyat və İnformatika” və “Ümumi fənlər” kafedraları fəaliyyət göstərir. Bugünədək institut əməkdaşlarının 1777 məqaləsi, 924 tezisi, 79 monoqrafiya, 78 dərslik və dərs vəsaiti, həmçinin 301 metodik vəsait və fənn proqramları nəşr edilmişdir. İnstitut əməkdaşları tərəfindən mətbuatda müasir dövrün aktual problemlərinə dair məqalələr, yazılar dərc olunur, radio və televiziya verlişlərində mütəmadi çıxışlar, diskussiyalar aparılır.
Naxçıvan Müəllimlər İnstitutu 2011-ci ilin aprel ayında Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin attestasiya və akkreditasiya komissiyasından uğurla keçərək sertifikat almışdır. Bu gün ali təhsil ocağında mütərəqqi təhsil metodlarının tətbiqinə geniş fikir verilir. Dünyada qəbul edilmiş tədris metodlarından istifadə tələbələrin bilik və dünyagörüşünün inkişaf etdirilməsinə səbəb olmuşdur. Hazırda İnstitutda təhsil Boloniya sistemi üzrə aparılır. Bu da Avropa Kreditli Təhsil Sisteminə inteqrasiya baxımından mühüm əhəmiyyət kəsb edir.
Naxçıvan Müəllimlər İnstitutunda elmi tədbirlərin təşkili daim diqqət mərkəzində saxlanılır, hər il Beynəlxalq və respublika səviyyəli konfrans və simpoziumlar keçirilir, elmi müzakirələr aparılır. 2003-cü ildən başlayaraq, hər ilin may ayında ümummilli lider Heydər Əliyevin anadan olmasının ildönümünə həsr olunmuş “Müasir təlim metodları və yeni pedaqoji texnologiyaların təlim-tərbiyə prosesində tətbiqi” mövzusunda elmi-praktik konfrans keçirilir. Konfransda ali təhsil müəssisələri əməkdaşları ilə bərabər, Muxtar Respublika təhsil şöbələrinin əməkdaşları və orta məktəb müəllimləri də fəal iştirak edir, ulu öndərin zəngin siyasi fəaliyyəti ətraflı təhlil olunur, müxtəlif mövzularda mühazirələr oxunur. 2014-cü ildən başlayaraq mütəmadi olaraq “Təhsil kurikulumları: nəzəri problemlər” və “Təhsil kurikulumları:praktik tətbiqlər” mövzularında Respublika konfransı keçirilir və materialları dərc olunur. Bununla yanaşı, hər il institutda “Heydər Əliyev və Azərbaycan”, “Milli Qurtuluş Günü ”, “Dünya Azərbaycanlılarının Həmrəliy Günü ”, “ Xocalı faciəsi”, “Azərbaycanlıların soyqrımı və deportasiya tarixi”, “Beynəlxalq Ana dili günü”, “Azərbaycan gəncliyi inkişaf yollarında” mövzularında və görkəmli şəxsiyyətlərə həsr olunmuş elmi-praktik konfranslar da təşkil olunur.
İnstitut ölkəmizdə, eləcə də Muxtar Respublikamızda fəaliyyət göstərən ali təhsil ocaqları və elm müəssisələri ilə mütəmadi əlaqələr saxlayır. 2007-ci ildən başlayaraq Naxçıvan Müəllimlər İnstitutu, Naxçıvan Dövlət Universiteti, AMEA Naxçıvan bölməsi, AMEA Riytaziyyat və Mexanika İnstitutu ilə birlikdə fizika, riyaziyyat və texnika elmləri üzrə beynəlxalq simpozium və konfranslar keçirmişdir. Bununla yanaşı 2009-cu ildən başlayaraq institut Naxçıvan Dövlət Universiteti və Azərbaycan Respublikası Təhsil Problemləri İnstitutu ilə birlikdə “Pedaqoji kadr hazırlığı: problemlər, vəzifələr”, “Tədris prosesinin təkmilləşdirilməsinin pedaqoji-psixoloji problemləri”, “Tədris prosesinin təkmilləşdirilməsi və müasir təhsil konsepsiyaları”, “Azərbaycan təhsil quruculuğunun prioritetləri: müasir yanaşmalar” mövzularında beynəlxalq konfranslar keçirir. Naxçıvan Müəllimlər İnstitutu bir sıra dünya unisersitetləri və elm ocaqları ilə elmi əməkdaşlıq edir. Ukrayna Milli Elmlər Akademiyasının Riyaziyyat İnstitutu, Xarkov Universiteti, Türkiyə Respublikasının Kocaeli Universiteti, Qars Qafqaz Universiteti, Kırşehir Ahı Evran Universiteti, İstanbul Esenyurd və Nişantaşı Universitetləri, Kuzey Kıprız Akdeniz Universiteti, İngiltərənin London Riyaziyyatçılar Birliyi, Qazaxıstan Respublikasının Almatı Milli Universiteti, Moskva vilayəti, Dövlət Texnoloji-Humanitar Universiteti, Rusiya Pedaqoji və Sosial Elmlər Akademiyası ilə sıx əlaqə saxlayır.
Naxçıvan Müəllimlər İnstitutunda zəngin kitabxana fəaliyyət göstərir. 32810 kitab fonduna malik olan kitabxana son illərdə nəşr olunan tədris-metodik, elmi, monoqrafik xarakterli ədəbiyyatlarla zənginləşdirilmiş və elektron kataloq yaradılmışdır. Hazırda fondda 3000-dən çox elektron kitab vardır.
Naxçıvan Müəllimlər İnstitutunun “Xəbərlər” elmi-metodiki jurnalı 21 dekabr 2004-cü il tarixdə Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyinin qeydiyyatından keçmiş (Şəhadətnamə №-1158) və ildə 4 nömrə nəşr olunması nəzərdə tutulmuşdur. “Xəbərlər” jurnalı Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyasının dissertasiyaların əsas elmi nəticələrinin dərc olunması tösiyə edilən elmi nəşrlərin siyahısının Pedaqogika elmləri bölməsinə salınmışdır. Hazırda “Xəbərlər” jurnalı Beynəlxalq ISSN qrifi ilə nəşr olunur (ISSN 2303-9116). Bu günədək jurnalın 52 nömrəsi işıq üzü görmüşdür. İnstitutda müasir avadanlıqlarla təchiz olunmuş Nəşliyyat şöbəsi də fəaliyyət göstərir ki, elmi-praktik konfransların proqram və materialları, “Xəbərlər” elmi jurnalı, fənn proqramları, əməkdaşların dərs və metodiki vəsaitləri, tövsiyələri və institutun bütün nəşriyyat işləri burada çap olunur.
Elmi nailiyyətlərin istehsalatda tətbiqi ilə bağlı olaraq AMEA-nın müxbir üzvü, Əməkdar elm xadimi professor Oruc Həsənlinin “ Sosial psixopedaqogikada istedadlı uşaqlar problemi”, “Diyarşünaslıq materiallarından istifadə mənəvi tərbiyənin vasitəsi kimi”, “Didaktika”, “Sirli dünya: qısqanclıq”, “Məktəb psixoloqunun stolüstü kitabı”, filologiya elmlər doktoru, professor Akif İmanlının “Uşaqların körpəlik dövründə tərbiyəvi iş və nitq inkişafı məsələləri”, professor Sadıq Vəliyev və Rafiq Hüsüynovun “Dərsin səmərəli təşkilidə fəal interaktiv təlimə bir baxış”, filologiya üzrə fəlsəfə doktoru Həsənəli Eyvazlı və Tamara Baxşəliyevanın “Milli kurikulum yeni təlim metodlarında”, professor Sadıq Vəliyev və pedaqogika üzrə fəlsəfə doktoru İsa Əliyevin “Cəbr kursunda məsələ həllinə rəhbərlik və çalışmalar” adlı dərs vəsaitləri, metodik vəsaitlər və digər elmi ədəbiyyatlar hazırlanaraq Naxçıvan Muxtar Respublikasının bütün rayon təhsil şöbələrinə paylanılmışdır.
Elmi kadrların hazırlanması intellektual inkişafın əsas şərtidir. Ona görə də institutda elmi-pedaqoji kadrların hazırlanmasına xüsusi diqqət yetirilmişdir. Belə ki, son 18 ildə institut əməkdaşlarından 7 nəfəri elmlər doktoru, 16 nəfər fəlsəfə doktoru alimlik dərəcəsi, 6 nəfəri professor, 35 nəfəri isə dosent elmi adını almışdır. Eyni zamanda müəllim kollektivinin əməyi dövlətimiz tərəfindən yüksək qiymətləndirilmişdir. Belə ki, professor-müəllim heyətindən 1 nəfəri AMEA-nın müxbir üzvü seçilmiş, 1 nəfəri Əməkdar elm xadimi, 5 nəfəri Azərbaycan Respublikasının əməkdar müəllimi, 9 nəfəri Naxçıvan Muxtar Respublikasının əməkdar müəllimi, 2 nəfəri Naxçıvan Muxtar Respublikasının əməkdar mədəniyyət işçisi fəxri adına, 3 nəfər “Tərəqqi” medalına layiq görülmüşdür.
Təhsil gələcəyə istiqamətlənmiş inkişaf metodudur. Naxçıvan Müəllimlər İnstitutunun kollektivi qarşısında qoyulan vəzifələrin yerinə yetirilməsi, ixtisaslı pedaqoji kadrların hazırlanması sahəsində uğurlu fəaliyyət göstərir. Çünki, ali təhsilli müəllimlər ordusunun hazırlanması, ilk növbədə gələcəyimiz olan gənclərin hərtərəfli yetişdirilməsində, ölkəmizin intelektual potensialının artırılmasında mühüm yer tutur.