Naxçıvan Müəllimlər İnstitutunun Həmkarlar İttifaqı Komitəsi professor-müəllim heyətini, həmçinin tədris-koməkçi, texniki və təsərrüfat işçilərini əhatə etməklə ətrafında 200 nəfərə yaxın əməkdaşı birləşdirir. Komitənin hər bir fakültədə ilk təşkilatı vardır.
İnstitut Həmkarlar İttifaqı Komitəsi İcraiyyə komitəsi tərəfindən idarə olunur. Həmkarlar İttifaqı Komitəsinin nəzdində 4 daimi komissiya fəaliyyət göstərir:
- Sosial məsələlər;
- Mədəni-kütləvi işlər;
- Tədris, elm və asudə vaxtın təşkili;
- Maliyyə, təftiş və təsərrüfat işləri komissiyaları.
Komitə öz işini mövcud qanunvericilik və müvafiq nizamnamə əsasında qurur.
Həmkarlar İttifaqı Komitəsinin sədri Ağayeva Xatın Elşad qızıdır.